Một phần ba số người bị nhiễm giun kim hoàn toàn không có triệu chứng nào.[8] Các triệu chứng chính là ngứa hậu môn và ngứa quanh hậu môn, tức là ngứa trong và xung quanh hậu môn và xung quanh đáy chậu.[8][9][10] Ngứa xảy ra chủ yếu vào ban đêm,[11] do giun kim cái di chuyển xuống để đẻ trứng xung quanh hậu môn.[12] Cả sự di chuyển của giun cái và trứng giun đều gây khó chịu, nhưng các cơ chế gây ra ngứa dữ dội vẫn chưa được giải thích. Cường độ ngứa khác nhau, và nó có thể được mô tả như là nhột, cảm giác bò, hoặc thậm chí đau cấp tính.[13] Ngứa dẫn đến gãi liên tục khu vực xung quanh hậu môn, có thể dẫn đến rách da và các biến chứng như nhiễm trùng thứ cấp, bao gồm viêm da do vi khuẩn và viêm nang lông.[9][10][13] Triệu chứng chung là mất ngủ và bồn chồn.[9] Một tỷ lệ đáng kể trẻ em bị mất cảm giác ngon miệng, giảm cân, cáu gắt, không ổn định về cảm xúc và đái dầm.[9]

Giun kim không thể làm rách da,[14] và bình thường thì chúng cũng không thể di chuyển xuyên qua các mô được.[10] Tuy nhiên, chúng có thể bò lên âm hộ vào âm đạo, từ đó di chuyển đến lỗ bên ngoài của tử cung, và sau đó đến khoang tử cung, ống dẫn trứng, buồng trứng, và ổ phúc mạc.[14] Nó có thể gây viêm âm hộ và âm đạo,[9][10] dẫn đến khí hư và ngứa âm hộ.[9] Giun kim cũng có thể xâm nhập vào niệu đạo, và có thể mang theo các vi khuẩn đường ruột.[14] Theo Gutierrez (2000), mối liên hệ có ý nghĩa thống kê giữa nhiễm giun kim và nhiễm trùng đường tiết niệu đã được chứng minh;[14] tuy nhiên, Burkhart & Burkhart (2005) vẫn bảo lưu ý kiến cho rằng không có bằng chứng rõ ràng chứng minh nhiễm giun kim gây nhiễm trùng đường tiết niệu.[8] Một báo cáo cho thấy có 36% phụ nữ trẻ bị nhiễm trùng đường tiết niệu thì cũng bị nhiễm giun kim.[8] Tiểu gắt cũng có liên quan với nhiễm giun kim.[8]

Mối quan hệ giữa nhiễm giun kim với viêm ruột thừa đã từng được nghiên cứu, nhưng chưa có sự đồng thuận rõ ràng về vấn đề này: trong khi Gutierres (2005) cho rằng tồn tại một sự nhứt trí về việc giun kim không gây ra phản ứng viêm,[15] còn Cook (1994) cho rằng vấn đề này còn đang bàn cãi,[13] và Burkhart & Burkhart (2004) lại tuyên bố rằng nhiễm giun kim là nguyên nhân gây ra các triệu chứng bề mặt của viêm ruột thừa.[8]